L ‘organigramma del Servizio Centrale di Protezione è il seguente:
Direttore del Servizio
Divisione I (Affari Generali, Amministrazione del personale, Segreteria di Sicurezza, Affari Giudiziari, Assistenza medica e psicologica, Settore documentazione)
Divisione II (Testimoni di giustizia, Gestione dei testimoni di giustizia ammessi allo speciale programma di protezione e o al piano provvisorio di protezione)
Divisione III (Collaboratori di giustizia, Gestione dei collaboratori ammessi al programma speciale di protezione e di quelli per i quali è stato deliberato il piano provvisorio)
Divisione IV (Amministrazione e contabilità – questioni economiche e finanziarie)